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<h1>Einladung zur &ouml;ffentlichen Disputation</h1>
<h2 class="center">von Gordon Gremme</h2>
<p>Mittwoch, 15. Mai 2013 um 16:15 Uhr<br />
ZBH - Zentrum f&uuml;r Bioinformatik, Bundesstr. 43, Raum 16</p>

<h2>"Rechnergest&uuml;tzte Genstrukturvorhersage"</h2>

<h4>Abstract:</h4>

<p>Moderne molekularbiologische Forschung ist durch die Verf&uuml;gbarkeit stetig wachsender Datenmengen charakterisiert. Diese Daten sind auf Grund der experimentellen Methoden, die sie erzeugen, oftmals fehlerbehaftet. Die Bioinformatik besch&auml;ftigt sich damit, molekularbiologische Daten zu speichern, abzurufen und zu analysieren. DNA, der grundlegende Informationstr&auml;ger des Lebens, wird heutzutage im industriellen Ma&szlig;stab sequenziert und im Kontext von Genomprojekten zu kompletten Genomen zusammengef&uuml;gt. Ein wichtiges Ziel dieser Genomprojekte ist die Vorhersage der funktionalen Elemente in einem Genom, insbesondere der Gene. Die vorgestellte Dissertation befasst sich mit der automatischen Annotation von Genen in vollst&auml;ndig sequenzierten Genomen, ein Prozess, der rechnergest&uuml;tzte Genstrukturvorhersage genannt wird.</p>
<p>Diese Disputation erkl&auml;rt die Methoden und Techniken, die die Grundlage der Genstrukturvorhersagesoftware GenomeThreader bilden. GenomeThreader benutzt homologe biologische Sequenzen (sogenannte cDNA/EST und/oder Proteinsequenzen) und berechnet Spliced Alignments, die Genstrukturen beschreiben. Zur Vorhersage der Genstrukturen wird ein mehrphasiger Ansatz benutzt. Dabei werden die unter Umst&auml;nden sehr gro&szlig;en Sequenzdatenmengen in fr&uuml;hen Phasen auf vielversprechende Genkandidaten reduziert, die dann in sp&auml;teren Phasen durch rechenaufw&auml;ndigere Algorithmen verfeinert werden. Die Resultate dieser Genstrukturvorhersagen, die Genomannotationen, k&ouml;nnen sehr umfangreich werden und aufwendige Schritte der Weiterverarbeitung erfordern. Um mit solchen Annotationen einfach und effizient umgehen zu k&ouml;nnen, wurde das GenomeTool Genomanalysesystem entwickelt, das ebenfalls vorgestellt wird.</p>
<p>Die Vorhersagequalit&auml;t von GenomeThreader wurde auf verschiedenen Datens&auml;tzen evaluiert. Es zeigt sich, dass GenomeThreader f&uuml;r die &uuml;blichen Genvorhersageaufgaben sehr gute Ergebnisse liefert. Die Qualit&auml;t der Ergebnisse ist vergleichbar mit den Ergebnissen der besten anderen Programme und teilweise sogar besser. Durch die gelungene Integration der einzelnen Phasen ist die Software sehr einfach zu benutzen, eine Eigenschaft, die sie von ihren Wettbewerbern unterscheidet. GenomeThreader hat weite Verbreitung in der Wissenschaftsgemeinde gefunden. Es gibt ca. 160 Nutzer weltweit und 30 Publikationen zitieren den wissenschaftlichen Artikel, der eine fr&uuml;he Version der Software beschreibt. Das quelloffene Softwarepaket GenomeTools diente als Grundlage f&uuml;r 10 weitere publizierte Werkzeuge zur Sequenz- und Annotationsverarbeitung. </p>

<p>Alle Mitglieder des Fachbereichs Informatik sind zu
dieser &ouml;ffentlichen Veranstaltung herzlich eingeladen.</p>
   
<h4>Kontakt:</h4>
<p>Prof. Dr. Matthias Rarey<br />
Vorsitzender des Promotionspr&uuml;fungsausschusses</p>
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