Hinweise zur Parallelrechnung
Bislang wurde nur eine rudimentäre Unterstützung zur Cluster-Rechnung installiert, da konkrete Projekte fehlten. Folgende Hinweise sollen allein Einsteigern dienen. Sprechen Sie für Ihre persönlichen Anforderungen bitte direkt mit den Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern des Informatik-RZ.
PBS / Torque
Der einfache Torque-Scheduler arbeitet sehr rudimentär und würde einem produktiven Cluster-System nur eine inefektive Ausntzung erlauben. Beisipele der Befehle zu PBS::
| qmgr -c 'p s' | Zeigen der Server-Konfiguration. |
| pbsnodes -a | Verifizierung das alle Knoten korrekt antworten. |
| qstat -a | Anzeigen aller Jobs. |
| qstat -B | Zusammenfassung des Status am Job-Server |
| qsub | Zuweisen eines PBS-Jobs |
Falls Sie Erweiterungen oder einen anderen Scheduler wünschen so wenden Sie sich bitte an das Informatik-RZ.
OpenMPI
Weiterführende Dokumentation zu OpenMPI finden Sie umfassend im Internet, an dieser Stelle nur ein kleines Beispiel:
Der Quellcode mpitest.c :
#include <mpi.h>
#include <stdio.h>
#include <unistd.h>
int main(int argc, char **argv)
{
int rank;
char hostname[256];
MPI_Init(&argc,&argv);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
gethostname(hostname,255);
printf("Hello world! I am process number: %d on host %s\n", rank, hostname);
MPI_Finalize();
return 0;
}
wird mit
> mpicc -o mpitest.out mpitest.c
übersetzt und liefert im Cluster ausgeführt
> mpirun -np 6 -H ccblade1,ccblade2,ccblade3 mpitest.out
folgendes Ergebnis:
Hello world! I am process number: 0 on host ccblade1
Hello world! I am process number: 1 on host ccblade1
Hello world! I am process number: 2 on host ccblade2
Hello world! I am process number: 3 on host ccblade2
Hello world! I am process number: 4 on host ccblade3
Hello world! I am process number: 5 on host ccblade3
Das Informatik-RZ bietet keine Unterweisung zum Parallel-Computing an. Bitte sprechen Sie die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter aber gerne an falls gewünschte Funktionen nachinstalliert werden müssen.
Passwortloser Zugang
Etliche Anwendungen verteilen die Prozesse über SSH auf mehrere Maschinen. Dafür ist es notwendig, dass Sie sich mit Ihrem Nutzerkonto ohne Passwort anmelden können. Eine Konfiguration könnte wie folgt generiert werden (Beispiel):
> cd ~/.ssh
> ssh-keygen -t rsa
> cp id_rsa.pub authorized_keys
> chmod 700 ~/.ssh
> chmod 600 authorized_keys
Weiterführendes finden Sie mit den Stichwörtern "SSH ssh-keygen authorized_keys" im Internet.